剧情里主角群的行动深受世上多数存在的“魔女”所影响，而魔女中强大者甚至能压缩时间，牵动着角色们的过去与未来。主角史克尔成为SeeD后的首次任务，即被卷入刺杀暗地掌控一国之魔女“Edea”的行动中。